Kontrolę podatkową rozpoczyna wysłanie z urzędu do podatnika zawiadomienia. Zawiadomienie musi zostać doręczone do podatnika, bądź do pełnomocnika, jeżeli ten został ustanowiony.
Kontrola podatkowa może rozpocząć się po upływie 7 dni od doręczenia zawiadomienia i przed upływem 30 dnia od tego doręczenia. Co do zasady kontrola odbywa się w siedzibie podatnika, miejscu przechowywania dokumentacji lub w miejscu prowadzenia działalności.
Zakres kontroli oraz termin jej zakończenia określa upoważnienie do jej przeprowadzenia. Jednak niejednokrotnie w ramach toczących się kontroli podatkowych obserwujemy ich przedłużanie przez organy.
Po rozpoczęciu kontroli podatkowej, podatnik powinien w niej uczestniczyć aktywnie dążąc do transparentnej współpracy z organem. Jest to podstawowe prawo podatnika. W przypadku posiadania pełnomocnika cała korespondencja i komunikacja odbywa się prze niego. Jeżeli podatnik nie ma ustanowionego pełnomocnika to powinien wskazać osobom kontrolującym osoby do kontaktu. W ramach kontroli podatkowej należy dbać o to, aby wszystkie czynności miały odzwierciedlenie na piśmie. Unikamy składania ustnych wyjaśnień. Każdorazowo na wezwanie organów podatkowych należy przekazać dowody źródłowe oraz wyjaśnienia. Przy kontroli podatkowej przed wysłaniem dokumentów do organu należy je zweryfikować oraz sprawdzić zarówno pod względem merytorycznym, jak i formalno – rachunkowym. Pozwoli to mieć pewność, iż wszystkie dokumenty, które trafiają do organu zostały zweryfikowane. W obecnie prowadzonych kontrolach najczęściej organ prosi podatnika o przesłanie dokumentów źródłowych w formie elektronicznej. Dodatkowo wykonuje kontrolę krzyżową u kontrahentów podatnika oraz porównuje te dane z posiadanymi u siebie zbiorami danych. Jednakże poza wystąpieniem do podatnika o przesłanie określonych dowodów źródłowych, poza żądaniem o udostępnienie dokumentacji, organ może także, filmować, fotografować, dokonywać nagrań dźwiękowych oraz utrwalać stan faktyczny za pomocą innych nośników informacji, jeżeli film, fotografia, nagranie lub informacja zapisana na innym nośniku może stanowić dowód lub przyczynić się do utrwalenia dowodu w sprawie będącej przedmiotem kontroli. Obowiązkiem podatnika jest umożliwić organowi dokonanie tych czynności. Jeżeli dowody źródłowe sporządzone są w języku obcym to podatnik na własny koszt musi przedstawić, na żądanie kontrolującego, tłumaczenie na język polski sporządzonej w języku obcym dokumentacji dotyczącej spraw będących przedmiotem kontroli.
Rozpoczęcie kontroli podatkowej oznacza, że podatnik m.in.:
- nie może wystąpić o wydanie interpretacji indywidualnej;
- nie może złożyć skutecznej korekty deklaracji;
- nie może wystąpić z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty.
Szczególnym przypadkiem jest sytuacja, gdy kontrola podatkowa może nastąpić niezapowiedzianie. Taką sytuację reguluje art. 282c Ordynacji podatkowej. Zgodnie z tym przepisem nie zawiadamia się o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej m.in. w sytuacji, gdy:
- dotyczy zasadności zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług;
- związana jest z prowadzonym postępowaniem przygotowawczym o przestępstwo lub przestępstwo skarbowe;
- dotyczy nieujawnionych źródeł przychodów;
- dotyczy niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej;
- ma charakter doraźny dotyczący sprawdzenia zachowania warunków zawieszenia działalności gospodarczej.
Po zebraniu wszystkich dokumentów oraz podjęciu wszystkich czynności organ skarbowy sporządza protokół kontroli. Jest to dokument opisujący stan faktyczny określony przez organ podatkowy. Protokół sporządza się w dwóch egzemplarzach. Jeden pozostaje w organie drugi doręczany jest do kontrolowanego. Dokument ten zawiera:
- wskazanie kontrolowanego;
- wskazanie osób kontrolujących;
- określenie przedmiotu i zakresu kontroli;
- określenie miejsca i czasu przeprowadzenia kontroli;
- opis dokonanych ustaleń faktycznych;
- dokumentację dotyczącą przeprowadzonych dowodów;
- ocenę prawną sprawy będącej przedmiotem kontroli;
- pouczenie o prawie złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień oraz prawie złożenia korekty deklaracji;
- pouczenie o obowiązku zawiadomienia organu podatkowego przez kontrolowanego o każdej zmianie swojego adresu dokonanej w ciągu 6 miesięcy od dnia zakończenia kontroli podatkowej, jeżeli w toku kontroli podatkowej ujawniono nieprawidłowości, oraz skutkach niedopełnienia tego obowiązku.
Jeżeli podstawą prowadzonej kontroli jest uznanie, iż księgi podatkowe prowadzone były w sposób nierzetelny to organ dodatkowo sporządza protokół z badania ksiąg rachunkowych. Jednakże ustalenia te można zawrzeć już w protokole.
Po doręczeniu protokołu kontrolowanemu, w celu aktywnego udziału w postępowaniu, powinien on złożyć zastrzeżenia do ww. protokołu. Brak złożenia zastrzeżeń może być uznany jako zaakceptowanie ustaleń organu, a więc i późniejszych orzeczeń wobec strony. Zastrzeżenia do protokołu kontroli składa się w terminie 14 dni od jego doręczenia. Organ ma kolejnych 14 dni organ na odpowiedź.
Zgodnie z art. 165b Ordynacji podatkowej w przypadku:
- ujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości co do wywiązywania się przez kontrolowanego z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego;
- niezłożenia przez podatnika deklaracji;
- niedokonania przez niego korekty deklaracji w całości uwzględniającej ujawnione nieprawidłowości;
organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej. Następuje to nie później niż w terminie 6 miesięcy od zakończenia kontroli.
Jeżeli podatnik zgadza się z ustaleniami kontroli podatkowej to powinien dokonać stosownych korekt swoich rozliczeń oraz dokonać wpłaty podatku wraz z odsetkami. Pozwoli to ograniczyć koszty związane z późniejszym postępowaniem podatkowym, m.in.: o koszty związane z odsetkami za zwłokę oraz ewentualnym dodatkowym zobowiązaniem podatkowym w VAT. Jeśli podatnik nie zgadza się z ustaleniami to wskazuje to w zastrzeżeniach oraz po zakończonej kontroli podatkowej rozpoczyna się u niego postępowanie podatkowe.
